サーバをまたぐポータルを通ったら、そのサーバのポータルでないところに飛ばされてしまいました。

　暗かったら、まず
/gamemode creative
でクリエイティブモードにしましょう。つぎに慌てず、自分の居場所がわかるなら、行きたい場所に戻ってください。
できない場合は。
/warp <場所の名前＞
で、登録された場所に行ってみてください。
おおむね、Main-Potalなど、安全な場所に行きつくでしょう。
warpコマンドなどでたどり着かない場合、
/gamemode spectator
と打ち込んでスペースキーを押してみましょう。地中から地上へ上がれます。
　ある程度上に上がると、ポータル広場が見えるはずですので、そこへ移動して、
/gamemode creative
とします。
　もう1度サーバ間ポータルを通るとわかると思うのですが、次回からはきちんと動きます。

　サーバ間のポータルは特殊なもので、サーバ内ポータルとは違う仕組みで動いています。サーバ間ポータルは、そのサーバにつなぐだけであって、向こうのポータルを目指して移動できません。では、いつもなぜ、ポータル通しで動いているようにに見えているのか。それは、単に最後にそのサーバに最後にいた位置がそこだったという理由だけなのです。
　つまり、あなたがサーバ間ポータルで違う場所に移動したのは、以前ログアウトした時に、そのサーバの（ポータルでない）ある場所でログアウトしたからなのです。